Whole CMV proteome pattern recognition analysis after HSCT identifies unique epitope targets associated with the CMV status

Cytomegalovirus (CMV) infection represents a vital complication after Hematopoietic Stem Cell Transplantation (HSCT). We screened the entire CMV proteome to visualize the humoral target epitope-focus profile in serum after HSCT. IgG profiling from four patient groups (donor and/or recipient +/- for CMV) was performed at 6, 12 and 24 months after HSCT using microarray slides containing 17174 of 15mer-peptides overlapping by 4 aa covering 214 proteins from CMV. Data were analyzed using maSigPro, PAM and the 'exclusive recognition analysis (ERA)' to identify unique CMV epitope responses for each patient group. The 'exclusive recognition analysis' of serum epitope patterns segregated best 12 months after HSCT for the D+/R+ group (versus D-/R-). Epitopes were derived from UL123 (IE1), UL99 (pp28), UL32 (pp150), this changed at 24 months to 2 strongly recognized peptides provided from UL123 and UL100. Strongly (IgG) recognized CMV targets elicited also robust cytokine production in T-cells from patients after HSCT defined by intracellular cytokine staining (IL-2, TNF, IFN and IL-17). High-content peptide microarrays allow epitope profiling of entire viral proteomes; this approach can be useful to map relevant targets for diagnostics and therapy in patients with well defined clinical endpoints. Peptide microarray analysis visualizes the breadth of B-cell immune reconstitution after HSCT and provides a useful tool to gauge immune reconstitution.The work has been funded by ALF (Arbetslivfonden) to M.M. and P.L. funds from Karolinska Institutet and Vinnova, Sweden to M.M

¿Pocos legisladores buenos hacen más que muchos malos? El rol de la calidad de los legisladores en el proceso decisorio del Congreso

Una pregunta relevante en el área de Economía Política es si la toma de decisiones en el Poder Legislativo es sólo un fenómeno cuantitativo, dado que en las votaciones se impone la voluntad de la mayoría, o también intervienen factores cualitativos tales como la experiencia y las posiciones de liderazgo de cada uno de sus miembros.Un posible enfoque para tratar esta cuestión, consiste en centrar el análisis en la toma de decisiones referida a Política Distributiva (Distributive Politics), es decir aquellos programas, proyectos o subsidios que concentran sus beneficios siguiendo criterios geográficos mientras que distribuyen los costos entre todos los contribuyentes (1).La particularidad de este enfoque es que cada legislador procura aprobar la mayor cantidad de proyectos que beneficien directamente a su distrito a fin de maximizar su probabilidad de reelección. Por esta razón, uno puede asumir que el representante que logra más para su jurisdicción posee una mayor calidad relativa (2).¿Cuáles son los determinantes de la asignación de este tipo de proyectos en un país determinado?¿Por qué un dique se construye en una provincia y no en otra?¿Qué variables subyacen en la toma de decisión respecto de la construcción de una autopista?¿Cómo explicar la existencia de programas de incentivos fiscales sobre determinada región?Los primeros modelos que intentaron representar la interacción legislativa se enfocaron en la dimensión cuantitativa del problema. En sendos trabajos seminales, Tullock y Buchanan (1962) y Riker (1962) derivaron el resultado que se conoce como Coalición Mínima Ganadora (Minimum Winning Coalition, MWC) a partir del siguiente argumento: si un legislador busca maximizar los beneficios netos para su distrito, no puede aprobar en forma individual un proyecto localizado geográficamente, pues sería rechazado por todos los miembros de las restantes jurisdicciones. De esta manera se ve obligado a negociar buscando el apoyo de sus pares para su proyecto, comprometiendo a cambio su voto para la aprobación de proyectos que benefician directamente a otros distritos.  No obstante, cuanto más numerosa sea la coalición, mayor cantidad de distritos percibirán beneficios netos positivos, lo que necesariamente será a expensas de algunos o todos los distritos que ya forman parte de la coalición. Por lo tanto, los legisladores tienen incentivos para excluir miembros –y sus proyectos-, al punto tal en que la coalición tenga el tamaño mínimo que asegure el triunfo.El resultado de MWC fue refutado, entre otros, por Weingast (1979), quien plantea un modelo donde postula que en realidad los miembros de una Legislatura buscan la unanimidad, evitando excluir a las minorías de los beneficios de las políticas distributivas. Este enfoque surge como consecuencia de que no se observa en la realidad el resultado esperado por la hipótesis de la MWC, esto es que la mitad más uno de legisladores se llevan todos los proyectos localizados geográficamente para sus respectivos distritos, en tanto que la mitad menos uno restante no logra aprobar nada. La idea es que el juego de la MWC implica asumir el riesgo de quedar afuera de la coalición, y por lo tanto sin posibilidad de mostrar beneficios directos para el electorado que lo votó. Por ello los legisladores prefieren el juego seguro del Universalismo, donde todos obtienen beneficios para sus distritos y maximizan así su probabilidad de reelección.Para lograr el resultado del Universalismo, la Cámara debe lograr alinear las creencias de los legisladores en el sentido de que ése es el resultado que va a prevalecer y que una MWC no tendrá posibilidad de conformarse. Para ello, debe establecerse un sistema de reglas y procedimientos, escritos y no escritos, que castiguen al legislador o grupo de legisladores que intente salir de este esquema, independientemente del partido al que pertenezcan. Según Weingast (1979), al menos en el Congreso de EE.UU., estas normas se cumplen y aseguran el resultado del Universalismo.Es decir que el Universalismo implica que todos los distritos obtienen una parte de los proyectos localizados geográficamente, porque el Congreso ha desarrollado mecanismos que impiden que algunos legisladores puedan formar una MWC que deje a algunos distritos sin recibir nada. No obstante, la pregunta que surge en este contexto, es cuáles son los determinantes de la distribución de recursos, es decir por qué algunos distritos reciben más que otros. ¿La asignación se establece sólo en base a criterios estrictamente económicos, o algunos legisladores “pesan” más que otros en la toma de decisiones?.En este sentido la literatura en Economía Política identifica a la Sobre-representación de un distrito en el Congreso como característica clave para explicar la distribución de fondos federales entre jurisdicciones subnacionales transformándose en referencia ineludible en estudios teóricos y empíricos a partir de fines de la década del ‘70. El argumento general es simple: dado que cada distrito subnacional tiene el mismo número de senadores, cada voto del senador tiene el mismo valor para cualquier coalición mientras que una jurisdicción pequeña requiere, en términos absolutos, menos fondos para llevar adelante proyectos que cubran el mismo porcentaje de su población que los distritos grandes. En otras palabras, para un líder de una coalición resulta más conveniente sumar una jurisdicción chica como beneficiaria de un programa específico que un estado grande. Este efecto deSobre–representación también puede caracterizar, si bien en menor medida, a la Cámara Baja debido a que en muchos países se asigna a los distritos un número mínimo de diputados independientemente de su población.No obstante, estudios posteriores pusieron el énfasis en variables cualitativas, reconociendo el hecho que  el proceso político que implica la aprobación de una ley no se reduce a una simple votación en el recinto. En la práctica legislativa, para que un proyecto llegue a ser votado por la Cámara, debe pasar por un proceso que incluye la aprobación por varias comisiones, las cuales son integradas por una porción muy reducida de legisladores. Por lo tanto, no sólo es una cuestión de número sino también de la participación o la influencia que tenga un legislador determinado en las comisiones relevantes y en el funcionamiento del Congreso. Es decir, que más allá de la cantidad, existe un componente de calidad de los representantes que influye en la aprobación de proyectos localizados geográficamente. Las características que la literatura señala como determinantes para diferenciar las calidades de los representantes de los distritos, son la pertenencia a ciertas comisiones legislativas, la responsabilidad de los cargos ejecutivos del Congreso y la antigüedad en la banca legislativa (seniority).Tenemos entonces que por un lado ciertos trabajos destacan la influencia del componente cantidad en la toma de decisiones legislativas, a través lo que se conoce como Sobre–representación, en tanto que en otros estudios se enfatiza la incidencia de distintos componentes de calidad legislativa. A partir de estos antecedentes, Bercoff, Meloni y Nougués (2012) han planteado un enfoque más global, considerando un modelo donde diseñan la toma de decisiones legislativa como un torneo en el cual el resultado depende tanto de variables cuantitativas como cualitativas.El planteo general es que el proceso legislativo puede modelarse como un torneo a la Lazear (3), donde los legisladores compiten por los recursos federales, pero dando por supuesto que existe un “monto básico” para cada distrito. Es decir que el “pozo” en juego está dado por los recursos disponibles, luego de descontar la asignación básica que predice el Universalismo.Si el torneo fuera exactamente igual al que plantea Lazear, es decir sólo dos legisladores compitiendo entre sí, se llevaría el premio (los recursos marginales) aquél de más calidad. Pero dado que en realidad compiten más de dos legisladores, se introduce un efecto cuantitativo dado por la Sobre- representación. Ante lo cual el torneo admite dos equilibrios posibles. Uno en donde triunfa el efecto cualitativo (los legisladores de mayor calidad) y otro en donde prevalece el efecto cuantitativo (los legisladores de los distritos sobre- representados).En este punto, alguien podría formular la pregunta ¿Quién gana al final, la cantidad o la calidad? ¿Existe alguna evidencia empírica que corrobore alguno de los dos equilibrios posibles? En un trabajo que considera el caso del Congreso Argentino en el período 1984-2004, se plantea un modelo donde se busca determinar la relación entre la variable transferencias federales per cápita y la variable Sobre-representación (considerando Cámara de Diputados y Cámara de Senadores por separado), definida como cantidad de representantes per cápita. A su vez, se considera una variable alternativa, Sobre-representación Ajustada por Calidad, donde la variable anterior es ajustada por un índice de calidad que se asigna a cada legislador de acuerdo a características de liderazgo y seniority. La hipótesis a testear es que si la cantidad prevalece, la primera de las variables mencionadas debería resultar significativa en los tests correspondientes, en tanto que si la calidad es lo que predomina, debería observarse mayor grado de significación en la segunda variable.Se realizaron estimaciones utilizando el método para datos en panel de Arellano-Bond.Se observan, en primer lugar, resultados muy disímiles entre las variables de Diputados y Senadores. En el primer caso, la variable Sobre-representación es significativa al 1%, pero al ajustar por calidad, el grado de significación cae al 10%. Por su parte, en el caso de la Cámara Alta, la Sobre-representaciónno es significativa, pero al ajustar por calidad resulta significativa al 1%. Lo que revelan estos resultados es que la calidad legislativa es muy importante en la Cámara Alta, a tal punto, que la Sobre–representación por sí sola no tiene poder explicativo. En cambio, en la Cámara Baja, el impacto de la calidad se diluye, siendo más relevante el peso del efecto cuantitativo. Este resultado se da aún cuando la Sobre-representación es más fuerte en el Senado.¿Por qué en la Cámara de Diputados prevalece el efecto cantidad (Sobre–representación) mientras que en el Senado se da el resultado inverso? Para responder a esta pregunta, debe analizarse la conformación de cada Cámara: Diputados cuenta con 256 miembros que tienen mandato por cuatro años, mientras que el Senado tiene 72 miembros (hasta el 2001 fueron 48) y su duración es de seis años (hasta el 2001 fue de nueve años). Esto podría indicar a priori que en un Cuerpo más chico, y con mayor seniority de sus integrantes, la calidad tiende a tener un mayor peso relativo. No obstante, una respuesta más rigurosa requiere de futuras investigaciones.En cualquier caso, la evidencia empírica presentada apoya la hipótesis de que la calidad, en el margen, importa, y puede en algunos casos revertir el efecto Sobre- representación.(*) Profesor e Investigador en el Instituto de Investigaciones Económicas (INVECO) de la Facultad de Ciencias Económicas de la Universidad Nacional de Tucumán, Argentina. Referencias BibliográficasBercoff, José; Meloni, Osvaldo; Nougués, Jorge (2012). “A stylized model of overrepresentation and quality in the Congress”. Economics Letters 115: 508-510.Bercoff, José; Meloni, Osvaldo; Nougués, Jorge y Pero, Pablo (2011). “Federal transfers and Legislative Quality: Evidence From Argentina”, mimeo.Buchanan, James  y Tullock, Gordon (1962). “The Calculus of Consent”. University of Michigan Press.Knight, Brian (2004). “Legislative Representation, Bargaining power, and the Distribution of Federal Funds: evidence from the U.S. Senate.” NBER Working Paper No. 10385.Lazear, Edward. (1995). “Personnel Economics.” Massachusetts: MIT Press.Levitt, Steven y Poterba, James (1994). “Congressional Distributive Politics and state Economic Performance.” NBER Working Paper No. 4721.Mayhew, David R. (1974). “Congress. The Electoral Connection.” Yale University Press.Porto, Alberto y Sanguinetti, Pablo (2001). “Political determinants of intergovernmental grants: Evidence from Argentina.” Economics and Politics 13(3): 237–256.Riker, William (1962). “The Theory of Political Coalitions”. New haven: Yale University Press.Weingast, Barry (1979). “A Rational Choice Perspective on Congressional Norms.” American Journal of Political Science 23 (2): 245-262.(1) Este tipo de políticas se contraponen a las que caben en la clasificación de bienes públicos, los cuales deben ser provistos a todos los ciudadanos o a ninguno, es decir que no existe la posibilidad de exclusión.(2) En diversas áreas de la economía tales como organización industrial o economía laboral, se encuentran modelos donde se considera la calidad de los recursos humanos como una variable relevante.(3) Lazear (1995) utiliza herramientas de Teoría de los Juegos para plantear un torneo donde los jugadores compiten entre sí por un premio, con la particularidad de que el ganador se lleva todo. Por ej. dos ejecutivos de una empresa que compiten por un cargo de rango superior.  (*) Profesores e Investigadores en el Instituto de Investigaciones Económicas (INVECO) de la Facultad de Ciencias Económicas de la Universidad Nacional de Tucumán, Argentina

SLiM-Enrich: computational assessment of protein–protein interaction data as a source of domain-motif interactions

Many important cellular processes involve protein–protein interactions (PPIs) mediated by a Short Linear Motif (SLiM) in one protein interacting with a globular domain in another. Despite their significance, these domain-motif interactions (DMIs) are typically low affinity, which makes them challenging to identify by classical experimental approaches, such as affinity pulldown mass spectrometry (AP-MS) and yeast two-hybrid (Y2H). DMIs are generally underrepresented in PPI networks as a result. A number of computational methods now exist to predict SLiMs and/or DMIs from experimental interaction data but it is yet to be established how effective different PPI detection methods are for capturing these low affinity SLiM-mediated interactions. Here, we introduce a new computational pipeline (SLiM-Enrich) to assess how well a given source of PPI data captures DMIs and thus, by inference, how useful that data should be for SLiM discovery. SLiM-Enrich interrogates a PPI network for pairs of interacting proteins in which the first protein is known or predicted to interact with the second protein via a DMI. Permutation tests compare the number of known/predicted DMIs to the expected distribution if the two sets of proteins are randomly associated. This provides an estimate of DMI enrichment within the data and the false positive rate for individual DMIs. As a case study, we detect significant DMI enrichment in a high-throughput Y2H human PPI study. SLiM-Enrich analysis supports Y2H data as a source of DMIs and highlights the high false positive rates associated with naïve DMI prediction. SLiM-Enrich is available as an R Shiny app. The code is open source and available via a GNU GPL v3 license at: https://github.com/slimsuite/SLiMEnrich. A web server is available at: http://shiny.slimsuite.unsw.edu.au/SLiMEnrich/

Криостимуляция околораневых и раневых тканей в лечении длительно не заживающих ран и язв конечностей

Представлен опыт применения разработанного автором метода криостимуляции околораневых и раневых тканей, его сочетания с атравматическим адгезивным растяжением тканей у больных с длительно не заживающими ранами и язвами конечностей. Определены критерии его безопасного применения и эффекты влияния на ткани. Получены положительные результаты в восстановлении опорных и других тканей конечностей.The experience of application of the original method of cryostimulation of wound tissue and its combination with atraumatic adhesive stretching of the tissue in patients with persisting wounds and ulcers of the extremities is presented. The criteria of its safe use and effects of influence on the tissue were determined. Positive results in restoration of supporting and other tissue of the extremities were obtained

First step to facilitate long term and multi centre studies of shear wave elastography in solid breast lesions using a computer assisted algorithm

Purpose: Shear wave elastography (SWE) visualises the elasticity of tissue. As malignant tissue is generally stiffer than benign tissue, SWE is helpful to diagnose solid breast lesions. Until now, quantitative measurements of elasticity parameters have been possible only, while the images were still saved on the ultrasound imaging device. This work aims to overcome this issue and introduces an algorithm allowing fast offline evaluation of SWE images. Methods: The algorithm was applied to a commercial phantom comprising three lesions of various elasticities and 207 in vivo solid breast lesions. All images were saved in DICOM, JPG and QDE (quantitative data export; for research only) format and evaluated according to our clinical routine using a computer-aided diagnosis algorithm. The results were compared to the manual evaluation (experienced radiologist and trained engineer) regarding their numerical discrepancies and their diagnostic performance using ROC and ICC analysis. Results: ICCs of the elasticity parameters in all formats were nearly perfect (0.861–0.990). AUC for all formats was nearly identical for ${E}_{\mathrm{max}}$ and ${E}_{\mathrm{mean}}$ (0.863–0.888). The diagnostic performance of SD using DICOM or JPG estimations was lower than the manual or QDE estimation (AUC 0.673 vs. 0.844). Conclusions: The algorithm introduced in this study is suitable for the estimation of the elasticity parameters offline from the ultrasound system to include images taken at different times and sites. This facilitates the performance of long-term and multi-centre studies

Impact of the HIV-1 env Genetic Context outside HR1–HR2 on Resistance to the Fusion Inhibitor Enfuvirtide and Viral Infectivity in Clinical Isolates

Resistance mutations to the HIV-1 fusion inhibitor enfuvirtide emerge mainly within the drug's target region, HR1, and compensatory mutations have been described within HR2. The surrounding envelope (env) genetic context might also contribute to resistance, although to what extent and through which determinants remains elusive. To quantify the direct role of the env context in resistance to enfuvirtide and in viral infectivity, we compared enfuvirtide susceptibility and infectivity of recombinant viral pairs harboring the HR1–HR2 region or the full Env ectodomain of longitudinal env clones from 5 heavily treated patients failing enfuvirtide therapy. Prior to enfuvirtide treatment onset, no env carried known resistance mutations and full Env viruses were on average less susceptible than HR1–HR2 recombinants. All escape clones carried at least one of G36D, V38A, N42D and/or N43D/S in HR1, and accordingly, resistance increased 11- to 2800-fold relative to baseline. Resistance of full Env recombinant viruses was similar to resistance of their HR1–HR2 counterpart, indicating that HR1 and HR2 are the main contributors to resistance. Strictly X4 viruses were more resistant than strictly R5 viruses, while dual-tropic Envs featured similar resistance levels irrespective of the coreceptor expressed by the cell line used. Full Env recombinants from all patients gained infectivity under prolonged drug pressure; for HR1–HR2 viruses, infectivity remained steady for 3/5 patients, while for 2/5 patients, gains in infectivity paralleled those of the corresponding full Env recombinants, indicating that the env genetic context accounts mainly for infectivity adjustments. Phylogenetic analyses revealed that quasispecies selection is a step-wise process where selection of enfuvirtide resistance is a dominant factor early during therapy, while increased infectivity is the prominent driver under prolonged therapy

In Vivo Evaluation of Cervical Stiffness Evolution during Induced Ripening Using Shear Wave Elastography, Histology and 2 Photon Excitation Microscopy: Insight from an Animal Model

Prematurity affects 11% of the births and is the main cause of infant mortality. On the opposite case, the failure of induction of parturition in the case of delayed spontaneous birth is associated with fetal suffering. Both conditions are associated with precocious and/or delayed cervical ripening. Quantitative and objective information about the temporal evolution of the cervical ripening may provide a complementary method to identify cases at risk of preterm delivery and to assess the likelihood of successful induction of labour. In this study, the cervical stiffness was measured in vivo in pregnant sheep by using Shear Wave Elastography (SWE). This technique assesses the stiffness of tissue through the measurement of shear waves speed (SWS). In the present study, 9 pregnant ewes were used. Cervical ripening was induced at 127 days of pregnancy (term: 145 days) by dexamethasone injection in 5 animals, while 4 animals were used as control. Elastographic images of the cervix were obtained by two independent operators every 4 hours during 24 hours after injection to monitor the cervical maturation induced by the dexamethasone. Based on the measurements of SWS during vaginal ultrasound examination, the stiffness in the second ring of the cervix was quantified over a circular region of interest of 5 mm diameter. SWS was found to decrease significantly in the first 4–8 hours after dexamethasone compared to controls, which was associated with cervical ripening induced by dexamethasone (from 1.779 m/s ± 0.548 m/s, p < 0.0005, to 1.291 m/s ± 0.516 m/s, p < 0.000). Consequently a drop in the cervical elasticity was quantified too (from 9.5 kPa ± 0.9 kPa, p < 0.0005, to 5.0 kPa ± 0.8 kPa, p < 0.000). Moreover, SWE measurements were highly reproducible between both operators at all times. Cervical ripening induced by dexamethasone was confirmed by the significant increase in maternal plasma Prostaglandin E2 (PGE2), as evidenced by the assay of its metabolite PGEM. Histological analyses and two-photon excitation microscopy, combining both Second Harmonic Generation (SHG) and Two-photon Fluorescence microscopy (2PF) contrasts, were used to investigate, at the microscopic scale, the structure of cervical tissue. Results show that both collagen and 2PF-active fibrillar structures could be closely related to the mechanical properties of cervical tissue that are perceptible in elastography. In conclusion, SWE may be a valuable method to objectively quantify the cervical stiffness and as a complementary diagnostic tool for preterm birth and for labour induction success